马来西亚马氏宗亲总会创立之初，是由一批热心得马氏宗亲于一九九一年四月十四日假吉隆坡雪隆潮洲会馆举行筹备大会，并成立筹委会，正式展开活动，联络全国各地马氏宗亲，为马氏宗亲总会之注册而落力奔走。这批热心的宗亲有已故拿督马振全局绅、已故拿督马骐骝、马振兴、马贵福、马恒章、马炳福、马天赐、马瑞权、马伟华、马瑞震、马燕国、马炳春、马光志及马千英等人，他们多次南上北下参与各种活动及交流会。一九九三年一月十五日，吉隆坡社团注册官终于正式批准本会成立，并于一九九三年四月十八日假大洲酒店会议厅召开第一次会员大会及选举首届理事，由当时的筹委会主席马贵福担任首届总会长，并于一九九三年五月十六日举行宣誓就职，由拿督马兴松太平局绅州议员，已故拿督马骐骝以及已故拿督马振全局绅监誓。当时（一九九三年十二月三十一日止）本会的个人会员有五百零四名，团体会员两名即太平马氏扶风堂及槟城马氏扶风堂。本会的第二届及第三届的总会长，均由马贵福宗长担任。一九九九年八月八日假槟城五洲酒店会议室召开会员大会及选举第四届理事会，已故拿督马振全局绅担任第四届理事会总会长，第四届理事会就职典礼于一九九九年九月十九日假吉隆坡SMI大厦举行，由教育部副部长拿督冯镇安博士监誓，并于同日召开第一次理事会议，定下本届理事会之会务重点∶一、重整会员名单；二、广召会员；三、出版马氏会讯；四、出版马氏工商指南；五、筹备购买新会所；六、加强国内外宗亲的联系。同年1999年，在署理会长马亚来担任购买会所筹备委员会主席的落力奔波下，成功获得筹款约七十余万元，顺利购买位于雪州沙亚南的两层楼会所，并完成装修及添购办公室的各项设备。并在2001年6月3日举行开幕典礼，当时也邀请拿督斯里黄家定部长举行揭幕仪式。2004年8月，马来西亚马氏宗亲总会在署理总会长马亚来的发起下，在云顶高原世界第一酒店举办了《第三届世界马氏宗亲恳亲大会》，当时来自美国、加拿大、中国、台湾、新加坡及泰国等马氏宗亲参与齐盛，场面浩大。
2005年已故拿督马振全局绅卸任总会长一职，由拿督马汉坤接任总会长。在拿督马汉坤的领导期间，成立了马氏网站，迈入网络科技的联系。2009年拿督马汉坤卸任总会长，由马记昌接任至今。马来西亚马氏宗亲总会全国共有6个分会，分别有槟城马氏扶风堂、威省马氏扶风堂、安顺马氏扶风堂、太平马氏扶风堂、文冬马氏联宗会及芙蓉马氏联宗会，目前马氏宗亲总会会员人数
已约1250人。